يعتبر برنامج علم الحاسوب أول برامج الكلية الثلاثة، حيث بدأت الجامعة في تقديمه في الفصل الدراسي الأول من العام الجامعي 1997/1998م.  ويختص هذا البرنامج بدراسة المواضيع المختلفة المتعلقة بتصميم نظم الحاسوب بالتركيز على الجانب البرمجي.  يدرس الطالب في هذا التخصص مساقات يبلغ نصابها الأكاديمي 143 ساعة أكاديمية موزعة على 37 ساعة متطلبات جامعة و26 ساعة متطلبات كلية و80 ساعة متطلبات تخصص (من بينها 9 ساعات اختيارية).على الصعيدين المحلي والخارجي فإن الخريج يكون مؤهلاً للعمل في تصميم وبناء نظم معلومات محوسبة لمختلف المؤسسات المحلية مثل المؤسسات الحكومية والصناعية والتجارية والمالية بالإضافة إلى المؤسسات التعليمية، هذا من ناحية ومن ناحية أخرى يكون الخريج مؤهلاً لمواصلة دراسته الأكاديمية والانخراط في برامج الدراسات العليا والدراسات البحثية في علوم الحاسوب ، هذا وقد أثبت  خريجو الكلية قدرات ممتازة في العديد من الجامعات الدولية.


رؤية قسم علم الحاسوب:
   ريادة في مجال تعليم وابحات الحوسبة محليا ودوليا.

رسالة قسم علم الحاسوب:  
   تقديم خطط دراسية مواكبة للتطور في علم الحاسوب و تخريج كفاءات مهنية.

الأهداف العامة لقسم علم الحاسوب:
• تطوير القوى البشرية الفلسطينية في مجال التخصص.
• تقديم تعليم علمي عالي متميز للطلبة.
• اكساب الطلبة مبادئ المعرفة والفهم والتفكير العلمي المنظم في علم الحاسوب، كما يكسبهم المهارات العملية والتخصصية اللازمة في عملهم المهني المستقبلي.
• تنمية شخصية الخريج الاجتماعية والقيادية وإكسابه المهارات العامة اللازمة للتواصل المستقبلي مع المجتمع في العمل وتأهيل خريجي القسم بالعمل في السوق المحلي وأسواق الدول العربية الأخرى.
• تخريج مجموعة من الطلبة والطالبات تلبي الحاجات المجتمعية، وتوفر لهؤلاء الخريجين فرصًا جيدةً للعمل أو إكمال دراساتهم العليا للمساهمة في التنمية العلمية العالمية.

هيكلية البرنامج ومضمونه: 
   تتكون الخطة الدراسية لقسم الحاسوب  من مجموعة من متطلبات الجامعة والكلية والتخصص  تغطي الأهداف المتواخاة من البرنامج كما يتضح من توصيف هذه المساقات . وتشمل متطلبات الجامعة دراسة قواعد اللغة العربية وفن الكتابة والتعبير، وكذلك قواعد اللغة الإنجليزية لتنمية مهارات اللغة والتعبير عند الطلبة. وتشمل كذلك مساقات شرعية لتنمية القيم الدينية والإنسانية عند الطلبة، ومساقات ثقافة عامة، ومساق دراسات فلسطينية لتنمية الاتجاهات الوطنية عند الطلبة، وكذلك مساق في الإسعافات الأولية لتعليم الطلبة كيفية التعامل مع الحوادث المفاجئة.وتغطي متطلبات الكلية المساقات العلمية الأساسية المساعدة في تعلم الحاسوب. يدرس الطلبة في البرنامج منهاجًا ينمي جوانب المعرفة والتفكير العلمي والمهارات العلمية والقيم والمهارات العامة والتواصل المجتمعي، ويتضح ذلك من خلال مساقات البرنامج الموزعة بشكل متوازن على سنوات الدراسة الأربعة. ويتكون نظام الدراسة من محاضرات نظرية ومساقات عملية، ويتم تقييم الطلبة من خلال الامتحانات ، والأبحاث و المشاريع. وتطرح مساقات البرنامج حسب الفصول بشكل مرتب يضمن توفر المعرفة السابقة لأي مساق قبل تسجيل مساق جديد، ولا يجوز للطالب تسجيل مساق له متطلب سابق، ولا يقبل برنامج التسجيل تسجيل مساق له متطلب سابق.وعادة يدرس الطلبة في السنة الأولى قبل التخصص متطلبات الكلية لأنها أساسية في خدمة مساقات التخصص، ويتم تعديل المنهاج وفق متطلبات العمل وتطور التخصص من خلال مجلس القسم وبإقرار من عمادة الكلية والشئون الأكاديمية و مجلس الجامعة.