أنشأ قسم ماجستير تكنولوجيا المعلومات في كلية تكنولوجيا المعلومات في الجامعة الإسلامية في الفصل الدراسي الأول من العام الدراسي 2009-م2010. حيث كان أول قسم دراسات عليا في مجال تكنولوجيا المعلومات في قطاع غزة. كان الهدف من افتتاح هذا القسم خدمة البحث العلمي في مجال تكنولوجيا المعلومات وخدمة المجتمع الفلسطيني في التحول نحو مجتمع معرفي. وخلال هذه الفترة حقق هذا البرنامج أهدافه بافاد المجتمع بكفاءات تعمل في مناصب عليا في عدة مؤسسات داخلية وخارجية خاصة وعامة ومنهم أيضا من حصل أو يحصل على شهادة الدكتوراه.
يدرس في هذا القسم مجموعة من الهيئة التدريسية المشهود لها في مجال تكنولوجيا المعلومات. كما أن الخطط الدراسية تجدد باستمرار حسب التطور العالمي في هذا المجال. كما أن الرسائل الماجستير التي تنتج عن هذا البرامج لها أهمية في حل مشاكل المجتمع المحلي في تكنولوجيا المعلومات بجانب الإضافات النظرية في هذا المجال.